বায়োইনফরমেটিক্স পরিচিতি

বায়োইনফরমেটিক্স পরিচিতি

লেকচার ১ | লেকচার ২| লেকচার ৩ | লেকচার ৪.১ | লেকচার ৫ | লেকচার ৬

 

শিক্ষক.কম এবং বায়ো-বায়ো-১ রিসার্চ ফাউনডেশনের উদ্যোগে শুরু হতে যাচ্ছে বায়োইনফরমেটিক্স পরিচিতি নামের কোর্স। এখানে বায়ো-বায়ো-১ ফাউন্ডেশনের সাথে জড়িত কয়েকজন গবেষক ও ছাত্র এই কোর্সটি পড়াবেন।

কোর্সের বর্ণনা

ডিএনএ-র কোন কোন জিনগুলো মানুষের জরার জন্য দায়ী? নিয়ন্ডারথালদের সাথে কি হোমো স্যাপিয়েন্সের আন্ত:প্রজনন হয়েছিলো? বাংলাদেশের আদিবাসীরা আসলে কোন কোন এলাকা থেকে এখানে বসত গড়েছিলো? উপকূলের লবণাক্ত জমিতে কিভাবে লবণ-সহনশীল ধান চাষ করা যায়? এই প্রশ্নগুলোর উত্তর কোন না কোন ভাবে ডিএনএ-র সাথে সম্পর্কিত। আমরা মানব জিনোম প্রজেক্টের কথা শুনেছি। এই প্রজেক্টে বের করা হয়েছে মানুষের ডিএনএ-তে আসলে ঠিক কি লেখা আছে। মানুষ সহ বিভিন্ন জীবের ডিএনএ, আরএনএ, প্রোটিনের অনুক্রম বা সিকোয়েন্সের মধ্যে ঠিক করে দেয়া থাকে জীবের বিভিন্ন বৈশিষ্টের রকম ফের। জীবনের বইয়ে কি লেখা আছে, সেটা বের করা পর কাজ হচ্ছে তার অর্থ উদ্ধার করা। প্রতিনিয়ত মানুষের তথ্যভান্ডারে এই জৈবতথ্যগুলো যুক্ত হচ্ছে। এক হিসেবে দেখা যায় প্রতি ষোল মাসে এই জৈবতথ্যের পরিমাণ দ্বিগুণ হয়ে যাচ্ছে। তাই প্রয়োজন পড়ছে এই তথ্য বিশ্লেষণে কম্পিউটারের প্রয়োগ। বায়োইনফরমেটিক্সের শুরু এখানেই – কম্পিউটারবিদ্যা আর জীববিজ্ঞানের মেলাবন্ধনে। বায়োইনফরমেটিক্স একটি নতুন, আন্তঃবিভাগীয়, ক্রমবর্ধনশীল বিষয়।

‘বায়োইনফরমেটিকস পরিচিতি’ কোর্সটির উদ্দেশ্য হলো বাংলাভাষীদের কাছে জ্ঞানের এই নতুন শাখাটির প্রাথমিক পরিচয় ঘটানো। তাত্ত্বিক এবং ব্যবহারিক – দুই নিয়েই কোর্সটি সাজানো হয়েছে। ইন্টারনেট সংযোগ আছে এমন একটি কম্পিউটারই যথেষ্ট এই কোর্সে।

কোর্সটি যৌথভাবে পড়াবেন বায়ো-বায়ো-১ রিসার্চ ফাউন্ডেশনের সাদ্দাম হোসেন, আরাফাত রহমান এবং আরিফ আশরাফ।

নিবন্ধন

এই লিংকে ক্লিক করে নিবন্ধন করুন কোর্সটিতে।

কোর্সটি কাদের জন্য

এই কোর্সটি আসলে বায়োইনফরমেটিক্সের ব্যাপারে আগ্রহী সবার জন্য।

কোর্সের সময়কাল

কোর্সটি শুরু হবে ৫ সেপ্টেম্বর, ২০১২ থেকে। প্রতি সপ্তাহে অন্তত একটি করে ভিডিও আপলোড করা হবে। একটি লেকচারে একাধিক ভিডিও থাকতে পারে।

বায়োইনফরমেটিক্স-১০১ এর আলোচ্য বিষয়

কোর্সটিতে থাকছে ৬টি লেকচার। এই লেকচারগুলার বিষয়বস্তু নিচে দেয়া হলো।

লেকচার -১: বায়োইনফরমেটিক্স সম্বন্ধে প্রাথমিক ধারণা (Introduction to Bioinformatics)

১.১ বায়োইনফরমেটিক্সের প্রয়োজনীয়তা (Importance of Bioinformatics)

১.২ বায়োইনফরমেটিক্সের পটভূমি/প্রেক্ষাপট (Background of Bioinfomatics)

১.৩ জীবন মতবাদ (Central dogma of Life)

১.৩.১ জীববিজ্ঞান অনুসারে মতবাদ (according to Biology)

১.৩.২ বায়োইনফরমেটিক্স অনুসারে মতবাদ (according to Bioinformatics)

১.৪ অনলাইনে সহজলভ্য বায়োইনফরমেটিক্স রিসোর্স ( online resources on Bioinformatics)

 

লেকচার ২ : ডিএনএ ক্রমবিন্যাসকরণ (DNA sequencing)

২.১ ডিএনএ  ক্রমবিন্যাসকরণ পদ্ধতিসমূহ (DNA Sequencing methods)

২.১.১ সেঙগারের পদ্ধতি (Sanger’s method)

২.১.২ শর্টগান পদ্ধতি (Shortgun method)

২.২ জিনোম ম্যাপিং (Genome mapping)

 

লেকচার-৩: ক্রমবিন্যাসকে সারিবদ্ধকরণ/ সাজানো (Sequence alignment)

৩.১ ক্রমবিন্যাস সারিবদ্ধকরণ বলতে কি বোঝায়? (What is sequence alignment?)

৩.২ প্রকারভেদ (Types of sequence alignment)

৩.২.১ সামগ্রিকভাবে সারিবদ্ধকরণ (Global alignment)

৩.২.২ স্থানীয়ভাবে/ ক্ষুদ্রভাবে সারিবদ্ধকরণ (Local alignment)

৩.২.৩ জোড়ায় জোড়ায় সারিবদ্ধকরণ (Pairwise alignment)

৩.২.৪ অনেকগুলোকে একসাথে সারিবদ্ধকরণ/সাজানো (Multiple sequence alignment)

৩.৩ ক্রমবিন্যাস সারিবদ্ধকরণের গুরুত্ব (Importance of sequence  alignment)

৩.৪ ক্রমবিন্যাস সারিবদ্ধকরণে  বহুল ব্যবহৃত টুলস ( Tools used to align sequences)

৩.৫ ব্লাস্ট (BLAST)

লেকচার – ৪: ফাইলোজেনেটিক ট্রি/ জিনজাতিতাত্ত্বিক তালিকা (Phylogenetic tree)

৪.১ ফাইলোজেনেটিক ট্রি কি? (What is phylogenetic tree?)

৪.২ ফাইলোজেনেটিক ট্রি নিয়ে কিছু কথা (overview on phylogenetic tree)

৪.৩ ফাইলোজেনেটিক ট্রি তৈরির পদ্ধতিসমূহ (Phylogenetic tree building methods)

৪.৪ ফাইলোজেনেটিক ট্রি বানানোর টুলস (Tools used to build phylogenetic trees)

৪.৫ MEGA ব্যবহার করে ফাইলোজেনেটিক ট্রি তৈরি (Phylogenetic tree construction using MEGA)

 

লেকচার – ৫: জিনের বহিঃপ্রকাশ/বৈশিষ্ট্য/আচরণ বিশ্লেষণ (Analysis of gene expression)

৫.১ ক্রোমোসম, ডিএনএ, জিন এবং জিনোম নিয়ে কিছু কথা (Overview on chromosome, DNA, gene and genome)

৫.২ জিনের কাঠামোগত বৈশিষ্ট্য (Structural feature of a gene)

৫.২.১ প্রাককেন্দ্রিক কোষ জিন (Prokaryotic gene)

৫.২.২ সুকেন্দ্রিক কোষের জিন (Eukaryotic gene)

৫.৩ জিনের নিয়ন্ত্রণ এবং বহিঃপ্রকাশ (Regulation and expression of gene)

 

লেকচার – ৬: হোমোলজি মডেলিং (সাদৃশ্যভিত্তিক প্রতিরূপকরণ ) এবং ত্রিমাত্রিক কাঠামো বিশ্লেষণ  (Homology modeling and 3D structure analysis)

৬.১ হোমোলজি মডেলিং কি? (What is homology modeling?)

৬.২ হোমোলজি মডেলিং গুরুত্ব (Importance of homology modeling)

৬.৩ ত্রিমাত্রিক কাঠামোর অনলাইন তথ্যভাণ্ডার (Online database of 3D structures)

৬.৪ ত্রিমাত্রিক কাঠামো তৈরিতে ব্যবহৃত টুলস (Tools used to build 3D model)

৬.৫ PyMolব্যবহার করে ত্রিমাত্রিক কাঠামো বিশ্লেষণ (Analyze 3D model using PyMol)

 

যৌথ উদ্যোগে: শিক্ষক.কম এবং বায়ো-বায়ো-১ রিসার্চ ফাউনডেশন

 

Comments

comments

Leave a Reply